Voici la listes des caractères spéciaux ainsi que de leur encodage fournie par le W3C.

Les alert() ne gèrent pas l'encodage html. é ne sera donc pas remplacé par un accent.
Pour avoir un accent il faut soit l'écrire sans encodage, soit utiliser l'encodage unicode.
Si vous l'écrivez sans encodage et que l'encodage défini par les header-meta de la page diffèrent avec l'encodage utilisé pour enregistrer le fichier html, vous obtiendrez une erreur javascript.
En utilisant l'encodage unicode, plus de souci.
Exemple : testé deviens test\u00E9 (ce code est fourni dans la liste ci-dessus)